Ova crkva, simbol grada Zagreba I njegove povijesti, najprepoznatljivija je po svom rustikalnom šarenom krovu s ornamentima i grbovima od šarenog keramičkog crijepa: grbom grada Zagreba i grbom Trojedne kraljevine Hrvatske, Slavonije i Dalmacije.
Ovaj živopisni krov napravljen je tijekom restaracije crkve 1876. — 1882. koju su vodili bečki restaurator gotičkih crkava, arhitekt Friedrich von Schmidt I njegov suradnik arhitekt Hermann Bollé.
Zanimljivo je da grb grada Zagreba na krovu crkve sv. Marka crvene boje, dok je današnji službeni grb Grada Zagreba plave boje. No tijekom restauracije krova službeni grb je bio grb Gradeca koji se nalazio na crvenom štitu.
Upravo je ovaj krov s dva grba ukomponirana u trobojnicu i geometrijski ukras na sljemenu krova jedan od najčešće fotografiranih simbola grada.
